I P3D to od v4 (nebo dokonce v3?) umí tak že žádný originál file nemusíš přepsat, dokonce to dle dokumentace zakazuje dávat cokoli do adresáře s P3D, vývojář to má mít u sebe a správným addon.xml souborem to dá P3Dčku vědět, to pak načte soubor z jiné cesty.
Když jsem ještě P3D používal, tak když jsem instaloval addon, buď starší nebo na to vývojáři prděli, tak jsem si zachytil všechny soubory které do toho rval a přeházel je ručně do samostatné struktury mimo P3D a vytvořil k tomu potřebný xml konfigurační soubor.