Stejný problém jsem měl při betatestování nové verze MTL. Rada od tvůrcu byla taková: ze všeho nejdřív spustit mtlbuilder, aby se zjistilo co chybí. Poté spustit autoupdater a dososat co chybí. Což ale nějak nefungovalo, ale v release verzi možná funguje. Udělal jsem to tedy jinak...odinstaloval jsem všechny balíčky MTL a smazal veškeré složky se začátkem IVAO_ v airplanes které zbyly. Následně jsme nainstaloval BASE balíček a tři evropy a oba fixy. Pak jsem udělal autoupdate a vše bylo v pořádku.
Další možnost je nainstalovat pouze BASE, oba hotfixy a vše ostatní sosnout přes autoupdater.